После крестьянской реформы 1861 года, когда в российских деревнях начались волнения, вызванные грабительским характером реформы, получила хождение прокламация «К барским крестьянам». Ее авторство власти решили приписать Чернышевскому. Однако не так-то просто было расправиться со знаменитым литературным критиком, статьи которого пропускались царской цензурой и широко печатались в «Современнике» и «Отечественных записках». Всем было известно о его революционных симпатиях, о близости с Герценом и другими крупными революционерами, однако эта сторона деятельности Чернышевского была тщательно законспирирована. На виду была лишь его литературная деятельность. С поразительной и дерзновенной ловкостью Чернышевский умел высказываться в своих статьях «между строк». Когда в печатавшихся в «Современнике» статьях о Гарибальди и в комментариях к итальянским событиям он со странным упорством чуть ли не в каждой фразе повторял: «в Италии», «я говорю об Италии», даже самый бестолковый читатель в конце концов начинал понимать, что речь шла о России и о текущих политических событиях. Тем не менее формально придраться было не к чему.
7 июля 1862 года власти, опасавшиеся открытого восстания, арестовали Чернышевского и бросили его в Петропавловскую крепость. Формальным поводом послужило письмо Герцена, в котором говорилось о том, что он вместе с Чернышевским собирается печатать «Колокол» за границей, поскольку в России журнал был запрещен. Но этого было мало, необходимо было предъявить Чернышевскому более веское обвинение. Но в чем? И власти пошли на прямой подлог. Отставной уланский корнет В. К. Костомаров, разжалованный в рядовые за тайное печатание «возмутительных изданий», человек с психическими отклонениями и бездарный поэт-графоман, чтобы избежать наказания, согласился сотрудничать с III отделением. Подделав почерк Чернышевского, Костомаров написал записку, будто бы от Чернышевского, с просьбой изменить одно слово в прокламации. Кроме того, Костомаров сфабриковал еще письмо, в котором якобы содержались неопровержимые доказательства прямого участия Чернышевского в революционной деятельности. На основании этих фальшивых улик в начале 1864 года сенат вынес Чернышевскому приговор — 14 лет каторги и вечное поселение в Сибири. Александр II утвердил приговор, сократив срок пребывания на каторге на 7 лет, однако фактически Чернышевский провел в заключении более 18 лет.
При аресте Чернышевского были конфискованы все его записи, в том числе дневник. Самые «опасные» заметки были зашифрованы (довольно примитивным способом), однако в целом дневниковые записи носили довольно беспорядочный характер, к тому же их язык и стиль производил довольно сумбурное впечатление. Когда Чернышевскому, который решительно отверг фальшивку Костомарова, стали предъявлять обвинения уже на основании дневниковых записей, он придумал смелый и интересный ход: он решил выдать дневник за черновик литературного произведения, а все свои рассуждения — за вымысел беллетриста. Более того, существует мнение (яростно оспаривавшееся официальным советским литературоведением), что Чернышевский стал писать «Что делать?» лишь для того, чтобы оправдать содержание своего «крамольного» дневника, который он таким образом превращал в черновик романа. Едва ли причина его написания только в этом, однако эта версия проливает свет на загадку романа, явно плохо продуманного и написанного в спешке. Действительно, тон повествования то становится небрежным и развязным, то оно приобретает надуманные, фантастические черты.
В советском литературоведении было принято утверждать, что царская цензура просто-напросто «проглядела» революционный характер произведения и поэтому допустила его к печати. Но есть и иная точка зрения: цензоры прекрасно видели, что все в этом якобы «любовном» романе шито белыми нитками, однако, принимая во внимание полное отсутствие каких-либо художественных достоинств рукописи (об этом на первых страницах заявляет и сам автор), они надеялись, что прославленный публицист и революционер скомпрометирует себя в глазах просвещенной общественности столь бездарной поделкой. Но вышло все наоборот! И дело тут не в литературных дарованиях автора, но в том, что он своей книгой сумел задеть за живое не одно поколение молодых людей, которые смеялись над рассуждениями о Прекрасном и самой безупречной форме предпочитали «полезное» содержание. Они презирали «бесполезное» искусство, зато преклонялись перед точными науками и естествознанием, они отшатывались от религии, но с религиозным пылом отстаивали веру в человека, точнее, в «новых людей», то есть — в себя самих. Сын священника и поклонник Фейербаха, Чернышевский, этот мученик за веру в светлое будущее человечества, открыл дорогу тем, кто подменил религию Богочеловека религией человекобога…
Так случилось, что предсмертный бред Чернышевского записал секретарь. Его последние слова удивительным образом перекликаются с фразой, сказанной несколько десятилетий спустя Зигмундом
Фрейдом по поводу своей научной деятельности: «В этой книге Бога нет». Чернышевский в своих предсмертных грезах упоминал о каком-то сочинении (кто знает, быть может, о своем романе?): «Странное дело: в этой книге ни разу не упоминается о Боге».