Систематика класифікація та номенклатура мікроорганізмів

СИСТЕМАТИКА, КЛАСИФІКАЦІЯ ТА НОМЕНКЛАТУРА МІКРООРГАНІЗМІВ Мікроби – це найбільша за кількістю та дуже різноманіт­на за рівнем організації частина організмів, які населяють біо­сферу Землі. Об’єднують їх тільки малі розміри, тому систе­матизувати їх дуже складно. Збудники захворювань є серед неклітинних (віруси та пріони) і клітинних організмів. Остан­ні поділяють на 2 великі групи: прокаріоти (доядерні) та евкаріоти (ядерні). Патогенні мікроорганізми зустрічаються се­ред бактерій (прокаріоти), грибів і найпростіших. Згідно з новим кодексом номенклатури бактерій запровад­жено такі міжнародні класифікаційні категорії: відділ клас порядок родина рід вид. Загальновизнаною та найбільш поширеною є класифікація бактерій Д. Берджі. Згідно з визначником, виданим у 1993 р., бактерії поділяють за будовою клітинної стінки та забарвлен­ням за Грамом на такі відділи: Gracilicutes – тонко­шкірі (грамнегативні); Firmicutes – товстошкірі (грампози-тивні), Tenericutes – не мають клітинної стінки (мікоплазми), Mendisicutes – архебактерії (вони непатогенні). Для зручності відділи описують за групами, які включають родини, роди та види. Там, де вони об’єднані в порядки і класи, вказується їх назва. Найбільше практичне значення серед грамнегативних бак­терій мають: 1-ша група – спірохети, родина спірохет: рід трепонем – збуд­ники сифілісу, рід борелій – збудники поворотного тифу; родина лептоспір, рід лептоспір – збудники лептоспірозу; 2-га група – аеробні (мікроаерофільні) рухливі вібріоїдні бактерії: рід спірил – збудники содоку (хвороби укусу щурів), роди кампіло-бактерій і гелікобактерій – представники нормальної мікрофлори (збудники шлунково-кишкових захворювань), рід бделовібріонів – паразити бактерій, очищують воду; 4-та група – аеробні (мікроаерофільні) палички та коки (8З роди): рід нейсерій – збудники гонореї та менінгіту, рід бордетел – збуд­ники коклюшу, рід бруцел – збудники бруцельозу, рід францисел – збудники туляремії, рід псевдомонад – збудники гнійно-запальних процесів і сапу, рід легіонел – збудники гострих респіраторних інфекцій; 5-та група – факультативно-анаеробні палички (45 родів, 3 роди­ни): родина ентеробактерій, роди ешерихій, сальмонел та шигел – усі вони збудники кишкових захворювань, рід ієрсиній – збудники чуми, псевдотуберкульозу та кишкового ієрсиніозу, роди протею і клебсієл – умовно-патогенні, збудники гнійно-запальних процесів; родина пастерел, рід гемофіліс – збудники м’якого шанкру та інфлюенци; родина вібріонів, рід вібріонів – збудники холери; 6-та група – анаеробні палички: прямі, зігнуті, спіральні, аспорогенні; родина бактероїдів, рід бактероїдів; рід фузобактерій – умов­но-патогенні мікроорганізми, збудники гнійно-запальних і некротич­них процесів (апендициту); 8-ма група – анаеробні коки, родина вейлонел, рід вейлонел – представники нормальної мікрофлори, умовно-патогенні, збудники запальних процесів у м’яких тканинах; 9-та група включає родини рикетсій, хламідій і бартонел; родина рикетсій – збудники висипного тифу та інших рикетсіо-зів; родина хламідій – збудники трахоми, орнітозу та інших хла-мідіозів. Серед грампозитивних бактерій найбільше практичне зна­чення мають: 17-та група – грампозитивні коки: родина мікрококів, рід ста­філококів; родина стрептококів, рід стрептококів. Усі вони є збуд­никами гнійно-запальних захворювань; родина бацил: рід бацил – збудники сибірки, рід клостридій – збудник правця, ботулізму, га­зової анаеробної інфекції; 19-та група – аспорогенні палички: рід еризопелотрикс – збуд­ники еризопелоїду, рід лістерій – збудники лістеріозу (опортуністи­чні інфекції); 20-та група включає рід коринебактерій – збудники дифтерії і рід актиноміцетів – збудники актиномікозів; 21-ша група – родина мікробактерій, рід мікробактерій – збудники туберкульозу, лепри; 22-га – 29-та групи – актиноміцети, непатогенні (за вийнятком 22-ї групи, рід нокардій); 25-та група – рід стрептоміцетів – продуценти антибіотиків (стрептоміцину); 30-та група – мікоплазми – збудники мікоплазмозів. Основною номенклатурною та таксономічною одиницею є вид. Визначення виду мікроорганізмів (ідентифікацію) прово­дять за морфологічними, тинкторіальними, фізіологічними, ан­тигенними та молекулярно-біологічними та іншими ознаками. Морфологічні ознаки характеризують форму, рухливість, спороутворення, наявність капсули. Тинкторіальні ознаки – це відношення до барвників. Фізіологічні ознаки – це культуральні та біохімічні вла­стивості мікроорганізмів. Культуральні ознаки – це характер росту мікроорга­нізмів на живильному середовищі. Мікроби, що виросли на живильному середовищі, називають культурою. Мікроби од­ного виду – це чиста культура. Біохімічні ознаки – здатність мікроорганізмів виділяти ферменти. Антигенні ознаки – антигенна структура мікроорганіз­мів, яку визначають за допомогою серологічних реакцій. Молекулярно-генетичні ознаки – індивідуальність ДНК. Порівнюють ДНК досліджуваного мікроорганізму з ета­лонною для даного виду ДНК. Якщо подібність становить 90 % і більше, то мікроби належать до одного виду. На цьому ж принципі ґрунтується застосування молекулярних зондів, за допомогою яких у досліджуваному матеріалі визначають ДНК і встановлюють діагноз захворювання. Якщо бактерії мають деякі відмінності від видових ознак, то такі мікроорганізми розглядають як підвид. Мікроорганізми, що відрізняються незначними спадкови­ми властивостями, називаються варіантами. Морфовар – мікроорганізми, що відрізняються морфо­логічними ознаками, біовар – фізіологічними, серовар – антигенними, хемовар – хімічними, фаговар – відношен­ням до фага. IIIтам – культура мікробів, виділена з конкретного дже­рела (організму людини, тварини, зовнішнього середовища). Штам можна вважати найнижчою таксономічною одиницею мікроорганізмів. Як правило, штами позначають протокольними номерами, або за джерелом виділення, або за місцевістю, де він був виділений (наприклад, вірус грипу Сингапур). Клон – потомство однієї мікробної клітини. Колонія – видиме скупчення мікроорганізмів на живиль­ному середовищі. Мікроорганізми називають за бінарною номенклатурою, кожний вид має видову і родову назви. Родову назву пишуть з великої літери (латинською мовою), видову – з малої. Напри­клад: збудник правця – Clostridium tetani, збудник чуми – Yersinia pestis, збудник холери – Vibrio cholerae, один із збуд­ників дизентерії – Shigella sonnei. Допускаються скорочення родової назви (S. sonneu).